福建医科大学第二临床医学院成立于 2000年。学院现有4个博士学位点， 16个硕士学位点。目前在院研究生、本科生近200人。学院下设自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究三室等9个研究室和1个实验中心等科研机构。学院现有专职教师266人，其中：教授21人、副教授79人，博士研究生导师4人、硕士研究生导师39人。卫生部突出贡献中青年专家1人，享受国务院政府特殊津贴的专家5人；入选国家级、省级“百千万人才工程”人选6人；卫生厅学术与技术带头人后备人选7人，校学科带头人培养对象5人；校级青年骨干教师29人。学院2000年来曾获得省、市级科技进步三等奖以上项目50项；国家自然科学基金3项；国家十一五科技支撑课题2项；获得教育部基金项目1项，省、厅级基金项目231项；在国际权威刊物和国家一级学术刊物上发表论文260篇，其中SCI源期刊 65篇。学院重视与国内外的学术交流，先后与荷兰自由大学、日本山梨医科大学、日本鹿儿岛大学等机构及学者进行交流并建立合作关系。同时还接收港澳台交流生。
